Năm Ngón Tay Diệu Kỳ kể về hành trình của Song Woo Yeon (Park Ji Hu), một nữ sinh trung học nhút nhát và sống khép kín, người đang lạc lõng trong cuộc sống mà không tìm thấy mục đích hay cách bộc lộ cảm xúc của mình. Cuộc sống của cô hoàn toàn thay đổi khi nhận được lời mời tham gia vào câu lạc bộ vẽ “Spirit Fingers”, nơi mà cô gặp gỡ những người bạn đầy chân thành và cởi mở. Nhờ sự động viên từ phó chủ tịch câu lạc bộ, Nam Geu Rin, Woo Yeon quyết định gia nhập, mở ra một chương mới trong cuộc đời mình. Tại đây, cô gặp Nam Ki Jeong (do Jo Joon Young thủ vai) – em trai Geu Rin, một người mẫu với ngoại hình nổi bật nhưng lại đang chật vật trong việc nhận biết giá trị bản thân. Bên cạnh Woo Yeon, Ki Jeong dần biết nuôi dưỡng những giấc mơ cũng như cảm xúc mới mẻ về tình yêu, tạo nên một mối liên kết đặc biệt giữa hai tâm hồn đang tìm kiếm ánh sáng trong thế giới của họ.