Keyes es el 9º nivel de Halo: Combat Evolved. En este nivel, el Jefe Maestro regresa al Crucero Covenant Verdad y Reconciliación para rescatar al Capitán. El Jefe Maestro lucha por toda la nave y debajo de ella intentando sobrevivir al sangriento combate entre el Flood y los Covenant sobrevivientes. Al final del nivel, el Jefe Maestro descubre una inconveniente verdad: el Capitán Keyes ha sido tomado por el Flood. Golpeó con fuerza su cabeza y toma los códigos de acceso al Pillar of Autumn, el Jefe Maestro roba un Banshee y va al lugar donde éste se estrelló.

"Lleva a cabo tú solo un abordaje a una nave Covenant y trae al Capitán de vuelta".
~Cortana

Cortana: "¡La red del Covenant es un caos total! Al parecer sus líderes ordenaron a todas sus naves abandonar Halo cuando descubrieron al Flood, pero ya era tarde. El Flood abordó esta nave y la inutilizó. El Covenant teme que el Flood repare esta nave y la usen para escapar de Halo. Un equipo de asalto va a neutralizar al Flood y reparar la nave para huir. ¡He conseguido fijar el transpondedor de la INM del Capitán Keyes! ¡Está vivo! ¡Y los implantes intactos! Hay interferencias del reactor dañado. Nos acercaremos todo lo posible".