Une phosphotyrosine (au début en rouge) est localisée puis "capturée" à la surface d'un domaine SH2* (en gris). Cette expérience se déroule au début d'une suite complexe de réactions qui affectent la cellule. Dans la pratique, chaque fois qu'un domaine SH2 est associé à une tyrosine, la cellule perçoit puis "répond" aux changements de son environnement. L'étude de la dynamique et de la force de ces liaisons revêt donc toute son importance. Cette vidéo simule le déroulement d'une telle expérience virtuelle. On appelle cela des simulations de dynamique moléculaire guidée (SMD). Ici, on force la tyrosine à se désolidariser du domaine SH2. On programme à l'avance une structure secondaire pour cadrer la simulation de la tyrosine et du domaine SH2 (cette structure prédéterminée est représentée par les couleurs suivantes : les hélices en violet, les feuillet bêta en jaune, les coudes en bleu).

*Le domaine SH2 est un motif d'interaction protéine/protéine, interaction constitutive avec des régions riches en protéines phosphorylées.
Les domaines SH2 sont présents dans de très nombreuses protéines de structure et fonction variables :
- des enzymes : TK cytoplasmiques de différentes familles (src, fps, Abl, syk, btk), tyrosines phosphatases (PTPIC et Syp/PTPID), la phospholipase Cg (PLCg), la ras-GAP.
- des facteurs de transcription de la famille Stat.
- des adaptateurs, molécules dépourvues d'activité catalytique mais possédant plusieurs domaines d'interaction protéine/protéine. Ces molécules ont souvent (Grb2, Crk, Nck) mais pas toujours (Shc, sous-unité régulatrice de la PI3 Kinase) des domaines SH3 en plus d'un domaine SH2.
- des molécules qui en se fixant aux pTyr du récepteur activé sont des inhibiteurs compétitifs naturels d'autres molécules à domaines SH2.
Cette simulation a été obtenue grâce aux volontaires qui mettent à profit la puissance de calcul de leurs cartes graphique et de leurs Playstation3 pour faire avancer la science.
Plus d'information : http://www.boinc-af.org/content/view/1040/219/