On se retrouve cette fois-ci dans le laboratoire; et on va s'amuser à se déguiser en scientifique ! Si ce n'est pas drôle ça ? Donc, nous allons nous déplacer dans tout le bâtiment à la recherche d'objets, de grenouille... Et finalement, la cinématique de fin nous révèle le créateur du... Metal Gear?! Musique de fond : thème Metal Gear Solid (à partir du 2), des images du genre du Gundam, et un personnage qui ressemble à Otacon.