Dans la ville de Londres, une jeune fille nommée Espella Cantabella est pourchassé par une force mystérieuse et cherche l'aide du professeur Layton et son assistant Luke Triton. Lorsque Espella est soudainement capturé, l'enquête de Layton le conduit à un livre étrange qui lui et Luke transporte dans une ville médiévale étrange appelé Labyrinthia. Cette ville est prétendument la maison de sorcières qui se cache dans l'ombre, et est contrôlée par une personne appelée Story Teller, qui a prétendument le pouvoir de transformer tout ce qu'il écrit dans la réalité. Pendant ce temps, Phoenix Wright et son assistant, Maya Fey, qui ont voyagé à Londres pour affaires, rencontrent le même livre et sont également transportés à Labyrinthia ville. Là, ils découvrent Espella a été accusé d'être une sorcière et doit être mis à l'essai.