Sonic, Tails et Knuckles font une rencontre inattendue : Shadow The Hedgehog, qui est censé avoir péri durant la bataille sur la colonie spatiale Ark, accompagné de Rouge The Bat et E-123 Omega. br Vu qu'ils en veulent aussi à Eggman, c'est le bon moment pour unir leurs forces et vaincre Eggman ensemble... ou se battre jusqu'à la mort pour savoir qui ira le vaincre en premier.