Jak et Daxter sont arrivés au coeur du nid des Metal Heads pour y confronter Metal Kor et sauver l'enfant qui se révèle être Jak, qui serait né dans cette époque et qui aurait été caché dans le passé pour le protéger de lui. br Jak, à présent adulte, doit vaincre Metal Kor pour anéantir l'armée des Metal Heads et sauver Abriville.