1997 Ağustos'unda yaşanan ve 3 milyarı aşkın insanın ölümüne neden olan olayın üstünden yıllar geçmiş ve 2029 yılına gelinmiştir. John Connor makinelere karşı insan direnişinin lideri konumundadır. Onu 2029 yılında yok edemeyen makineler şimdi yok edemedikleri düşmanlarını geçmişte yok etmeyi denemeye karar verirler ve John'un 13 yaşında olduğu döneme bir yok edici makine yollarlar. Buna karşılık john da o dönemde kendisini korumak için daha önce annesini öldürmek göreviyle geçmişe yollanan yok edici makinenin daha üst bir modelini geçmişe yollar. İki yok edici makine arasında John Connor için büyük bir mücadele başlar. Bu arada henüz yaşanmamış olan 1997 Ağustos'unda yaşanacak olan felaketin mimarı olan Skynet adlı sistem de yavaş yavaş faaliyetlerini artırmaya başlamıştır.