O clérigo Abdul Aziz Ghazi, aliado do Talibã e do Estado Islâmico, quer subjugar o Paquistão à versão mais rígida da lei Sharia. Apesar da oposição oficial, a sua Mesquita Vermelha coordena uma rede de madrassas (escolas religiosas) onde as crianças aprendem somente o Corão e fundamentos da guerra santa. O filme segue o aluno de uma madrassa e uma ex-aluna, que fugiu em busca de uma educação mais completa. Enquanto isso, o físico e ativista Dr.