Il y a trois origines possibles pour le mot anaconda : il pourrait s'agir d'une altération du mot cingalais henakanday (serpent tonnerre), ou alors du mot tamoul anaikondran (tueur d'éléphant). Il est étonnant que le mot ait une origine aussi lointaine du lieu d'habitat de l'animal ; il se pourrait que le nom soit lié à la vague similarité de l'anaconda avec les pythons d'Asie. Toutefois, il semblerait que le terme "anaconda" provienne des Indiens d'Amazonie et signifie "serpent guerrier". br Le nom scientifique du genre Eunectes dérive du grec ancien et signifie « bon nageur ». br Les Sud-Amérindiens appelaient également l'anaconda sucuri, yakumama ou jibóia.