Comme dans le manga animé culte de Masamune Shirow, on suivra les aventures d'une femme cyborg qui travaille au sein de la Section 9 pour traquer des terroristes et un hacker particulièrement puissant répondant au nom de Puppet Master. Mais cette enquête sera aussi une quête intérieure explorant les tréfonds de l'âme humaine et de la robotique.