كان شيخ الأزهر في مقدمة الذين أحاطوا بعبد الفتاح السيسي حين أعلن الإطاحة بالرئيس المصري المنتخب محمد مرسي يوم 3 يوليوتموز 2013. اليوم يتعرّض شيخ الأزهر لحملة شرسة من وسائل إعلام مقرّبة من النظام تطالبه بالاستقالة.