En 1999, deux fusées russes Proton s’écrasent en territoire kazakh. Ces graves accidents amènent le Kazakhstan à réexaminer son « contrat de location » de Baïkonour, et demande alors une taxe supplémentaire sur les lancements commerciaux. Du côté russe, cette nouvelle exigence a pour conséquence d’accroître la volonté de devenir indépendant du Kazakhstan. La Russie annonce alors son intention de délocaliser la quasi-totalité des activités de lancement de Baïkonour vers Plesetsk. En début 2002 Alexandre Kosovan, alors ministre de la Défense, confirmait cet engagement pour l’horizon 2005. Mais dans les faits, seules quelques activités spatiales militaires restantes ont réellement été transférées à Plesetsk. br En outre, les instances gouvernementales russes n’ont plus le monopole des décisions face aux industriels russes comme étrangers. Qu'il s'agisse de la Française Starsem qui commercialise Soyouz, ou la firme russo-américaine International Launch Services qui possède le lanceur Proton 3, la manne financière fournie par le secteur privé contribue largement à maintenir le cosmodrome de Baïkonour opérationnel. La coentreprise Sea Launch envisage quant à elle d’ouvrir un service de lancement terrestre baptisé « Land-Launch » à partir de Baïkonour.