PBNU bersama MPR RI satu suara mendorong pemilihan presiden dikembalikan kepada MPR RI. Menurut Ketua Umum PBNU Said Aqil Siroj pemilu yang dilakukan secara langsung lebih banyak mudarat. Selain itu Kiai Said menambahkan, MPR sekarang sudah tidak seperti zaman Orde Baru.