Ninja Slayer é um drama de ação com elementos de cyberpunk e com temática sobre ninjas que se passa num futuro próximo de Neo Saitama (cidade fictícia baseada na real), onde almas de ninjas foram libertadas. O enredo segue Fujikido Kenji, um assalariado que teve a esposa e os filhos assassinados. Devido a isso, ele busca se vingar daqueles que o enganaram prometendo eliminar todos os traços restantes dos ninjas na Terra.