Um ano após os eventos de Mai-Otome um asteróide em curso de colisão com o reino de Windbloom é destruído - por pouco - por uma força tarefa internacional de Meister Otome. Subsequentemente um novo e mais poderoso tipo de Slave surge, junto com uma sinistra entidade - ou entidades - de manto preto, capaz de facilmente dominar o mais forte dos Meisters. Não apenas isso, como também o relacionamento problemático de Arika e Mashiro está atrapalhando o uso da Safira do céu azul - possivelmente a única arma forte o suficiente para derrotar este novo adversário.