Kaptan Pengu çizgi dizisinin sinema uyarlaması olan filmde, kaybolan arkadaşlarını ararken türlü maceralara atılan Kaptan Pengu ve arkadaşlarının hikayesi konu ediliyor. Sera gazları ve küreseller ısınma buzulların erimesine neden olmaktadır. Kaptan Pengu da eriyen buzullar için elinden geleni yapmaya çalısır. Tam da bu sırada üzücü bir haber alır. En yakın arkadaşı Putuk, eriyen buzuldan düşmüştür ve uçsuz bucaksız denizde kaybolmuştur. Haberi alır almaz arkadaşını bulmak için yola koyulan Kaptan Pengu’ya bu süreçte Misket, Pelik ve Mandalina da yardım eder. Ekip, arkadaşları Putuk’u bulmak için zorlu bir maceranın içine atılır.