केरल में PFI के गठन के बाद से ही संगठन विवादों के घेरे में है. CAA के खिलाफ प्रदर्शन में हिंसा फैलाने के आरोप के बाद संगठन पर बैन लगाने की मांग उठने लगी है. यूपी पुलिस ने अबतक 108 कार्यकर्ता को गिरफ्तार कर लिया है जिनपर लव जिहाद का भी आरोप लगे हुए है.