लोकसभा में नागरिकता संशोधन बिल पेश होते ही विपक्षियों का बिल के खिलाफ विरोध भी देखने को मिला. नागरिकता संशोधन बिल पर विवाद इसीलिए बढ़ रहा है क्योंकि विपक्षियों के अनुसार गैरकानूनी प्रवासियों के लिए नागरिकता पाने का आधार धर्म को बनाया गया. उनका दावा है कि धार्मिक आधार पर नागरिकता संविधान के अनुच्छेद 14 का उल्लंघन किया गया है.