Deux adversaires mythiques s'affrontent dans un combat colossal, tandis que le destin de la planète est en jeu. Kong et ses protecteurs s'engagent dans un périple à haut risque pour retrouver leur foyer d'origine. Ils sont accompagnés par Jia, jeune orpheline avec qui Kong a noué des liens très forts. Mais contre toute attente, ils croisent sur leur route Godzilla qui, fou de rage, sème le chaos partout il passe.