Kaptan Pengu ve Arkadaşları 2, Kaptan Pengu önderliğindeki grubun iklim değişikliği, doğal afetlerin artışı, kuraklık, doğal bitki örtüsünde olan kayıp, okyanus ve denizlerdeki yaşamı tehdit eden kirlilik gibi büyük sorunlara değinmesini odağına alıyor.