સૌરાષ્ટ્ર યુનિવર્સિટીમાં BAPSનો કોર્ષ શરૂ કરવાની જાહેરાત થતાની સાથે જ સનાતન ધર્મના સંધુ સંતોમાં નારાજગી ફેલાઈ છે. સાધુ સંતોનું કહેવું છે કે વર્ષો જૂની પરંપરાને નેવે મૂકી માત્ર એક જ સંપ્રદાયની વાહવાહી કરવાથી સનાતન ધર્મ ખતરામાં આવી જશે. આથી જો ધાર્મિક શિક્ષણ આપવું હોય તો સનાતન ધર્મમાંના આધાર પર બધા જ સંપ્રદાયને સાથે રાખીને શીખવવું જોઈએ.