توتّرت العلاقات تدريجياً بين الطرفين إثر اندلاع النزاع في سوريا. وغادر قياديو الحركة وعلى رأسهم رئيس مكتبها السياسي السابق في الخارج خالد مشعل دمشق في شباطفبراير 2012. وأغلقت الحركة كافة مكاتبها وأوقفت أنشطتها فيها.