O Golfo de Fonseca é um refúgio para aves migratórias que lá chegam para se reproduzirem, assim como para alguns peixes, como o robalo e o pargo, para caranguejos, camarões e vários moluscos, além de répteis como iguanas e lagartos. O local tem sido invadido por pedaços de plástico e outros dejetos que chegam no continente depois de serem despejado nos rios que cortam cidades e vilarejos de Honduras, El Salvador e Nicarágua.