Le jour, Lloyd est un lycéen comme les autres. La nuit, il se transforme en ninja, prêt à défendre Ninjago City avec ses amis. Entraînés par le maître de kung-fu Wu, aussi sage que blagueur, ils doivent mettre hors d'état de nuire l'infâme Garmadon. Lors d'une bataille homérique, Lloyd découvre que celui-ci est son père. Après cette révélation, il est rejeté par ses camarades de lycée. Il cherche à en apprendre plus sur Garmadon et veut savoir pourquoi sa mère a eu une romance avec cet homme dangereux. Entretemps, un grand danger menace la ville...