Né dans un cimetière, Kitaro est le dernier survivant de la tribu des fantômes. Élevé par un père humain, Mizuki, et accompagné de son père biologique réincarné en globe oculaire, Medama oyaji, le jeune Kitaro va devoir apprendre à vivre dans ce monde gouverné par la science où les yokaï n'ont plus leur place dans la croyance populaire.