นายวิษณุ เครืองาม เป็นอีกหนึ่งคนที่ ไม่เห็นด้วยกับการเสนอร่าง พ.ร.บ.จัดระเบียบราชการกระทรวงกลาโหม ของ สส.เพื่อไทย โดยยืนยันว่า สมัยพลเอกประยุทธ์ ไม่เคยคิดที่จะให้อำนาจ ครม.