Le Japon est infesté de kaiju, et le travail de Kafka Hibino consiste à se débarrasser de leurs carcasses. Pendant ce temps, son amie d'enfance, Mina Ashiro, grimpe les échelons dans les Forces de Défense anti-kaiju. Kafka avait abandonné l'idée de les intégrer, mais décide finalement de retenter sa chance pour se rapprocher de Mina. Un seul bémol : il devient subitement le puissant Kaiju No.