L'académie Skylanders réunit les plus grands guerriers des différents Skylands afin de leur apprendre comment protéger leur univers contre les forces du mal. Stealth Elf, une elfe ninja, Eruptor, spécialiste du pouvoir de lave, et Spyro, un dragon violet, étudient sous la houlette de maître Eon et des professeurs Jet-Vac et Pop Fizz. De son côté, Kaos, aidé par son serviteur, le troll Glumshanks, compte sur la magie noire pour détruire les Skylands.