Le personnage principal sera pour la première fois Clank et pour la deuxième fois, il sera possible d'incaner Qwark (déja possible dans les Vidéo-fun en 2D de Ratchet & Clank 3). Ratchet sera pour la première fois mis de côté. Quant a l'histoire, Clank devra voyager à travers la galaxie pour retrouver les coupables du vol de la pierre la plus précieuse de toute la galaxie pour pouvoir innocenter Ratchet dont tout le monde croit qu'il est le voleur. Durant ce temps, le capitaine Qwark est en train d'écrire son autobiographie.