Un extraterrestre menace de s'attaquer à la terre. Il propose cependant une échappatoire à l'humanité : le gouvernement japonais doit lui permettre d'enseigner à la pire classe de l'établissement Kunugigaoka, la classe 3-E. Le sort du monde se retrouve donc entre les mains de collégiens : ils ont 365 jours pour réussir à tuer la créature la plus rapide de l'univers.