Cette fois, Samus atomise le 1er boss et récupère LA célèbre capacité : la Boule Morphing. Grâce à ça, on se faufile jusqu'au Secteur 1, en découvrant au passage le gros méchant de cet opus : le SA-X. Nouvelle mission : nettoyer les ventilateurs du Secteur (oui, la femme de ménage a aussi été tuée) à l'aide des pokémons qui... hum hum *tousse* je m'égare...