On enchaine sur le combat entre le ninja et Snake afin de libérer le docteur Hal Emmerich, on en apprend un peu plus sur le fonctionnement du Metal Gear. On doit ensuite retrouver Meryl afin qu'elle nous donne les fameuses clés d'annulation, en route nous tomberons sur Psycho Mantis, le médium de Fox-Hound.