Le Professeur Layton et son jeune disciple Luke reçoivent une troublante lettre signée de la main de Luke et datée de 10 ans dans le futur. Mais le message porté par cette troublante missive est encore plus déconcertant : le Londres du futur est en proie au chaos et la seule personne capable d'y rétablir l'ordre est le Professeur Layton.