Le seul moyen d'arriver à Aeropa a été indiqué par un message envoyé par un expéditeur secret : Un téléporteur, se trouvant dans l'ancienne caserne aéropanienne.br En chemin, Daxter redevient Dark Daxter, mais cette fois sous les yeux de Jak et Keira, et il faut noter que Jak voit son meilleur ami devenir un éco-monstre noir, et il trouve ça "normal".